転出届をださずにワーホリに来ましたが、帰国後支払い義務が何かしら発生しますでしょうか。

　滞在期間未定で出国した場合には、1年を経過した段階で日本の非居住者となりますので、非居住者となった日以降の所得は、滞在地国で課税されます。
　なので、あなたの場合初年度はともかく、滞在2年目以降については日本では課税されないと思います。

ご返信いただきましてありがとうございます。

日本にその間2回ほど一時的に帰国しているのですが、そうなるとまた判断は変わってきますでしょうか？

　休暇等の短期滞在は、考えないことになっていますよ。