住宅取得資金の贈与税非課税の特例について

【結論】
結論から申し上げますと、ご提示いただいた理論で1000万円の非課税特例を受けることは可能です。ご自身の考えられている処理の方向性で問題ありません。

【理由】
理由は以下の通りです。
・直系尊属から住宅取得等資金の贈与を受けた場合の非課税特例（租税特別措置法第70条の2）では、贈与された資金が「住宅の取得対価（物件価格）」に充てられる必要があります。登記費用や仲介手数料などの諸経費に充てた分は対象外となりますが、物件価格5000万円が贈与額1000万円を上回っているため、贈与金は全額物件の取得に充てられたものとして税務上認められます。
・住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）との併用についても、税法上、物件価格から非課税となる贈与額を差し引いた残額が、住宅ローン控除の対象となる借入金の限度額となります（租税特別措置法第41条）。物件価格5000万円から贈与額1000万円を引いた4000万円で申請するというお考えは、税務のルールに完全に一致しています。

ただし、300万円分の支払いについて、1000万円の贈与資金から支払ったというお金の流れが明らかですと、住宅資金でないとみなされる恐れがあります。

あくまで1000万円は物件価格5000万円を支払うのにつかったという資金の流れを作るのが重要になります。

丁寧にご回答いただきありがとうございます。

ありがとうございます。
問題なければベストアンサーをお願いいたします。

詳しい解説付きで大変助かりました。
ありがとうございます。