休職中に副業をするんですがばれますか？

副業のほうが給与所得であれば住民税を普通徴収にできないと思います。住民税の通知は本業のほうに合わせて送付されます。

結論から申し上げますと、10年前と比較して「普通徴収にすることで本業の会社に副業がバレないようにする」手法の成功率は著しく低下しており、発覚するリスクが格段に高くなっています。
10年前と比べて何が変わったのか、その制度的背景と具体的なリスクについて解説いたします。
【1】10年前と現在の違い（なぜバレやすくなったのか）
① 自治体による「特別徴収の完全実施（原則義務化）」の徹底
最大の原因は、全国の都道府県・市区町村が事業主に対する「特別徴収（給与天引き）の完全実施」を強く推進・徹底したことです。10年前は曖昧だった運用が厳格化され、副業が「給与所得（アルバイト・パート等）」である場合、確定申告で普通徴収を選択しても自治体側のルールにより原則として本業の給与（特別徴収）へ一本化・合算される仕組みになりました。
② マイナンバー制度による名寄せ精度の向上（補助的要因）
マイナンバー制度の定着により、副業先から自治体へ提出される給与支払報告書や支払調書が、個人の税務データへ正確かつ自動的に紐付けられるようになりました。自治体側の処理において名寄せ漏れや合算漏れが起きにくくなったことも、発覚につながる要因となっています。
③ 本業会社に届く「住民税決定通知書」による発覚
副業分の住民税が本業の会社に通知される際、通知書に「主たる給与以外の所得」や「総所得金額」が記載されます。休職中で本業の給与が出ていない（または少ない）にもかかわらず住民税が発生していると、会社の経理担当者に違和感を持たれ、副業が判明します。
【2】「本業が休職中」であることによる追加の重大リスク
① 本業給与がゼロの場合の特別徴収不可
休職中で本業からの給与支払いが0円の場合、会社は給与から住民税を天引きできません。市役所から会社へ「給与天引きができないため普通徴収へ切替」または「税額変更通知」が届き、その確認手続きの過程で、会社が「なぜ休職中にこれだけの住民税が発生しているのか」を調査し、副業が浮き彫りになります。
② 傷病手当金を受給している場合のリスク
休職中に健康保険から「傷病手当金」を受給している場合、副業で収入を得ていることが健康保険組合や会社に知られると、「労務不能状態ではない」と判定され、傷病手当金の支給停止や全額返還請求に発展するおそれがあります。さらに、就業規則違反（休職要件違反）として懲戒処分の対象となるリスクも極めて高いです。
【3】まとめ
現在では、地方自治体の特別徴収徹底と税務処理の高度化により、会社側が「探そう」としなくても、住民税の通知手続きの過程で自動的に副業の存在が判明する仕組みになっています。
特に休職中の副業は、税金面だけでなく就業規則違反や傷病手当金返還など会社との深刻なトラブルに直結しやすいため、極めてリスクが高い対応と言わざるを得ません。
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