相続した土地・建物の売却に伴う取得費の証明書類について

ローン完済の時期が浅ければ金融機関に聞くことも一考ではありますが、おそらく、そうではないようですから、貴殿が考える当初の借入額を取得費として主張するやり方になると思います。
もちろん当時の相場より大きい場合は、否認のリスクもあります。
一般的な家庭では、頭金を入れたとしても他の事業用借入という事もないでしょうから、ほぼ購入額であることが予想できます。
お２人でその金額を主張するのかを決めて申告されると良いと思います。
回答は以上とします。

売買契約書以外にも取得費の立証に資する資料は存在し、必要に応じて不動産鑑定士の関与も検討対象となります。
取得費の直接資料としては、当時の重要事項説明書、金銭消費貸借契約書や返済明細、建築請負契約書・領収書、不動産取得税・登録免許税の課税通知書、過去の確定申告書控などが挙げられます。

加えて、売買契約書等が残っていない場合には、不動産鑑定士による鑑定評価書を用い、取得時期に近い時点の時価を合理的に推計する方法もあります。鑑定評価書は取得費そのものの直接証明にはなりませんが、概算取得費5％が不合理であることを補強する資料として実務上用いられるケースがあります。

なお、登記事項証明書の抵当権設定額は参考情報にとどまるため、複数資料を組み合わせた合理的説明が重要となります。