不動産売却に関わる税金について

結論から申し上げますと、お母様がご自宅を売却する際、所得税(譲渡所得税)や住民税はかからない可能性が高いかと存じます。

以下に、整理して回答させて頂きます。

1. 取得期間の扱い（長期取得か短期取得か）
ご懸念の点について、法律上「相続」によって財産を引き継いだ場合、亡くなった方（お父様）の所有期間をそのまま引き継ぐことになっています。
そのため、お母様の名義に変更した（相続した）のが最近であっても、お父様が建てた「25年前」が起点となります。売却時点での所有期間は5年を大幅に超えるため、短期取得ではなく「長期譲渡所得」として扱われます。

2. 税金の計算と「3,000万円の特別控除」
建物の売却価格が600万円とのことですが、税金（譲渡所得税）は売却額そのものではなく、売却益（儲け）に対してかかります。

●売却益の計算：
売却価格（600万円）から、25年間の建物の値下がり（減価償却）を考慮した当時の建築費用（お父様名義分）と、今回の売却にかかる経費（仲介手数料など）を差し引きます。

●居住用財産の3,000万円特別控除：
マイホームを売却する場合、最高3,000万円まで売却益を控除できる特例があります。
お母様は現在もその家に住まわれているため、この特例の要件を満たします。

仮に計算上で数百万の売却益が出たとしても、この3,000万円の控除を適用することで、課税対象となる譲渡所得は0円になります。
結果として、譲渡所得税・住民税はかかりません。
＊こちらの特例を使わずとも売却益が生じないのであればそもそも譲渡所得税はかかりません。

＜留意点＞
弟様の共有名義分について：
今回は「お父様名義の半分（または一部）」をお母様が相続して売却する前提ですが、弟様名義の残り半分についても、25年前から所有しているため同様に「長期譲渡所得」となります（弟様が同居していない場合、弟様分には3,000万円控除は使えませんが、建物の値下がりを考慮すると売却益自体がほぼ出ない、または赤字になる可能性が高いかと存じます）。

確定申告：
税金が0円になる場合でも、「3,000万円特別控除」を受けるためには売却した翌年に確定申告が必要となりますのでご注意ください。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

お世話になります。

私からは個人的に気になった一点だけ言及させていただきます。

借地とのことですので、以下の点を、念のためご確認されることをおすすめ致します。

・使用貸借（タダ借り）だったのか、賃貸借だったのか。
・賃貸借だった場合、借地権利金の取引慣行がある地域か否か。
・取引慣行のある地域だった場合、25年前に権利金の支払はあったか否か。

ケースによっては、建物だけでなく借地権の譲渡も関わってくる場合もあります。

他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になれば幸いです。

ご回答ありがとうございました。ご回答の内容からしますと、おそらく売却益は出ないだろうと思います。借地についてですが、賃貸で借りている土地になります。今回その地主の方も一緒にその土地を売ることになったのですが、借地権利金の話は出ていなかったように思います。