海外居住者が、日本国内に所有する不動産を、売却・賃貸にだす場合の、源泉徴収

　　回答します

Q1)
　①　非居住者の課税の概略について
　　　1年を超えて海外で居住をする方は、原則「非居住者」に該当します。「一時的」との説明ですが、出国する際に、1年以上の勤務を有する職業等をもって出国された場合、貴方は「非居住者」に該当します。
　　非居住者への日本国の課税は、「国内源泉所得」のみとなっており、日本国内になる不動産に係る所得は、その対価の支払い時に源泉徴収された後に確定申告で精算されることになっています。（源泉徴収の上、総合課税）
　　土地等の譲渡対価の場合は10.21％、賃貸収入の場合は20.42％であり、源泉徴収されることに誤りはありません。

　　②　税理士さんと管理会社について
　　　　管理会社は、非居住者への源泉徴収の認識をどの程度であるのか分かりかねます。また、管理会社が源泉徴収するのではなく、賃借人が源泉徴収義務を有する（サラリーマンであっても）ため、貴方が「非居住者」となったことを知らなかったか、源泉徴収のしかたについて不明であった可能性もあります。
　　　　税理士先生のご判断についても分かりかねます。コメントは差し控えさせていただきます。

Q2）　自宅というより、別にご自身の保有する家屋が別途あったとしても「居住」の実態により判断されます。
　　　しかし、当該居住が「居住用住宅の特例」を目的とするものの場合は控除は受けらません。
　　　この点は「事実関係」によって判断されますので、回答は出来かねます。また、その間「自宅」をどのようにされていたかにより総合的に判断されると思われます。

　　　なお、この特例は「自分が所有者として住んでいたもの」が受けられる特例であるため、家族だけが居住していた場合は、難しいと思われます。念のため税務署に確認されることをお勧めいたします。