法人税の支払い

返還されます。
国税通則法第56条1項において、国税に係る過誤納金があるときについて、以下のように規定されています。
「国税局長、税務署長又は税関長は、還付金又は国税に係る過誤納金（以下「還付金等」という。）があるときは、遅滞なく、金銭で還付しなけばならない。」
よろしくお願いいたします。

法人市民税・県民税については、申告期限内に、均等割りなどの、納税義務がない旨の書類を提出しない限り、できないものも、あると思います。
今後は、役場に、聞いて、損をしないようにしてください。