住宅ローン組んで子どもが家を建てる時の非課税分援助したい分の援助をしたいのですが、

ご質問の件ですが、銀行が懸念しているのは、「実際の資金負担割合」と「不動産登記上の持分割合」がズレることで、娘さんからご主人へのみなし贈与が発生するリスクかと存じます。

【ご主人への贈与を防ぐ方法】
物件の「持分割合」を、実際の資金拠出額に合わせて正確に登記すれば問題ございません。
例えば、物件の総額に対して、娘さんの持分を「（娘さんのローン額＋援助する500万円）÷ 物件の総額」として登記します。
＊これによりご主人への贈与税はかかりません。

【資金の渡し方とタイミング】
●振込先： 必ず「娘さん本人名義の口座」へ振り込んでください。
＊ご主人や直接ローン口座へ振り込むのは避けてください。

●タイミング： 物件の「引き渡し（最終決済）の直前」に振り込み、決済当日に娘さんの口座から不動産会社等へ直接支払うのが最も確実で証拠も残ります。
＊非課税特例は、贈与の翌年3月15日までの居住要件等があるため、引き渡し時期に合わせた贈与が原則となります。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

ありがとうございます
わかりやすかったです