フリマサイトの売り上げを会社に秘密で確定申告したいです。

生活用品動産の譲渡は、非課税になります。
「参考」
所得税の課税されない譲渡所得
 資産の譲渡による所得のうち、次の所得については課税されません。
(1) 生活用動産の譲渡による所得
 家具、じゅう器、通勤用の自動車、衣服などの生活に通常必要な動産の譲渡による所得です。
 しかし、貴金属や宝石、書画、骨とうなどで、1個又は1組の価額が30万円を超えるものの譲渡による所得は課税されます。

ご返答ありがとうございます。
ただ、全く同じ物30点ほどを何度か出品をしていたりしており、生活用品動産として認められないかもしれないと聞きました。

この場合でも当てはまるのでしょうか？

ご自分のものであれば、生活用品動産で良いと考えます。
しかし、同じ物を多数、出品すると、転売目的と判断される可能性はあると考えます。
転売目的の場合には、雑所得、又は、事業所得に該当します。

雑所得で一応申告予定なのですが、この場合は会社の確定申告とは別で、雑所得のみを申告できるのでしょうか？

その際は税務署にその旨を伝えれば大丈夫でしょうか？

確定申告は、会社からの源泉徴収票(給与所得)と雑所得を合算して申告します。すでに源泉所得税として納税した金額との差額を確定申告書において、納付する事になります。