報酬以外にかかった交通費等の経費も含めて総額から源泉徴収している取引先

お答えします。
おそらく、先方への請求書に、報酬、交通費、などの内訳を記載されているのだろうと思います。
それらは、報酬の内訳に過ぎず、所得計算上は、総額が報酬であり、交通費は、あなた様の個人事業所得の中での経費、ということです。
従いまして、請求書の内訳を見て、交通費などを除いた報酬額に対してのみ、源泉徴収を計算するのは誤りで、総額に対して源泉徴収をするのが正しいことになります。
なお、交通費については、領収書などを先方に引き渡して、支払を受ける場合には、先方が支払うべきものをいったん立て替えた建て替えたということになりますので、その場合には、源泉徴収の対象から除いても良いことになっています。その場合には、その交通費は先方の経費となりますので、こちらでは計上できなくなります。
確定申告にあたっては、交通費を含めた総額を収入にして、交通費などを必要経費にして、所得を計算することになります。
当座、そういう形で源泉徴収をされてしまっていますので、そのままの状態を基礎として、確定申告を記載するしかないと思います。
取り急ぎ回答とさせていただきます。