相続税申告書における遺留分の記載方法

二男様が遺留分侵害請求権を行使するまでもなく、ご兄弟で協議し遺留分相当額を長男様が二男様に現金で支払うということでしょうか。
税理士の業務範囲外ですが、遺言書どおりの相続ではないので、たとえば、「長男様が二男様に○○円の代償金を支払う義務があることを認めこれを支払う」旨の遺産分割協議書を作成する必要があるのではないでしょうか。
これにより第三者に対しても相続内容を立証することができます。

申告書の記載方法は第11表においてすべての財産を長男様が相続し、代償金として長男様と二男様がマイナス、プラスすればよいです。

一般的に税務署では所得税申告とは異なり、相続税申告を税理士が作成するという前提であるといってもよいでしょう。
申告書に税理士の記名がなければ、それだけで税務調査の対象になるかもしれません。
お近くの相続税分野に強い税理士に相続税申告書作成を依頼すべきです。