法人番号のある法人とない法人の違いとは？

　法人登記がある法人には、法人番号が付与されます。１法人に対し１つの番号のため支店などには個別の番号は付与されません。（支店の場合は、本店所在地を確認してください。）

　設立登記の無い法人や人格のない社団（PTA、マンション管理組合）などは、税務署へ申告書・届出書を提出した日から1か月程度で番号が通知されるそうです。（それまでは、番号の確認が取れないですね）
　また、税務署に申告書や届出書を提出しない（義務のない）としても、法人番号の指定を受けるための届出を提出した場合は、その後に法人番号が付与されます。
　設立登記の無い法人、人格のない社団で、法人番号がない法人は税務署への申告者等の提出や、番号指定の届出を提出していない、又は通知前が考えられます。

　「設立登記のない法人」とはどのようなものを指すのかは明確にお答えしかねますが、「地縁団体・・・市区町村での団体で法人格を認めたもの」などや、あるいは「法人」ではなく「任意団体」などは「法人番号」がない可能性はあると思います。

　法人番号の詳しいサイトを添付しましたので参考にしてください。
https://www.houjin-bangou.nta.go.jp/setsumei/

　法人番号の通知時期は、以下のサイトをご覧ください。
https://www.houjin-bangou.nta.go.jp/shitsumon/shosai.html?selQaId=00009
　

地縁団体でも法人番号のあるものがありますが、あれは団体側がわざわざ税務署に申告したんですか？
そんなことをして何かメリットがあるんでしょうか？

団体で人を雇った場合などは、給与にかかる源泉所得税の源泉徴収義務が生じる場合もありますし、収益事業を行っていない「団体」であっても収支内訳の提出を求められることがあります。
　団体が、自ら「法人番号」を取得するために申請する理由は不明ですが、税務署などからの行政サービス等を受けるために申請などをしている可能性はあります。
　その他、私として思いあたるケースはありません。申し訳ございません。