無料で交通機関を利用している場合の通勤非課税について

勤務先で折角、通勤手当を支給したいとお考えのところ、誠に残念なのですがお尋ねのケースでは勤務先で支給した金額全額が給与として課税の対象となります。
通勤のための交通費（いわゆる「通勤手当」）は勤務には欠かせざる支出ですので、実費弁済的な部分は非課税とされています。
そのような訳でお尋ねの場合、公共交通機関等に支出がない訳ですから、課税の対象になります。
決して、支給してはいけないという訳ではありませんので。
また、交通費の支払いが全くないケースとして、自宅から会社までは交通手段を使わず、徒歩の場合も考えられますね。人情として一定の交通費名目の支給をしている勤務先も考えられます。しかし、この場合も本人の負担がないため、通期手当として支給される全額が課税対象になります。
ただし、自転車通勤、車通勤の場合、公共交通機関に支払う交通費はありませんが、それぞれ毎月、一定の金額までの通勤手当が認められています。
自転車の例でいいますと2㎞までが4,200円、10㎞までが、7,100円、15㎞までが12,900円等となっていて、自動車通勤にについても別に規定が設けられています。
こちらは、国税庁のHPに掲載のTAXアンサーでご確認できます。
No.2585　マイカー・自転車通勤者の通勤手当
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2585.htm

全額課税とは全く考えておりませんでした、大変参考になりました。とても丁寧に回答いただいてありがとうございました。

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