所得税：海外で働きながら日本の居住者だと認定されるために必要な日本滞在の日数

配偶者ビザでもご主人が働けるビザを持っていればマレーシアで働けるようですが、日本企業の雇用ではダメなのですか。

ご確認ありがとうございます。下記のサイトによると「マレーシアにおける雇用パスを取得した駐在員が帯同する家族は、ディペンデント・パスの発給を受けることが可能」ですが、「ディペンデント・パス保持者の就労は認められていない」そうです。もしマレーシアの居住者と判断され、日系企業からの収入をマレーシアで確定申告をすると、「ディペンデント・パスしか持っていないのに収入があるのはどういうことだ？」とつっこまれる可能性があるかなと思ったのです。
https://www.jetro.go.jp/world/asia/my/invest_05.html

また可能であれば住民票を抜かず、日本の社会保険に入ったままにしたい（年金の空白期間を作りたくない）ため、日本で年末調整をしたいと考えております。

ジェトロのサイトを確認しました。ディペンデントパスで入国して、あとで雇用パスに切り替えればいいみたいですが、働く会社はマレーシアにないといけないみたいです。あなたの日本の勤務先はたぶん該当しないと思うので、あなたのいう通りです。ディペンデントパスだとたぶんマレーシアで確定申告そのものを受け付けてもらえないのだと思います。働けないわけですから。あなたの考えている日本の居住者になって、１８３日マレーシアで働くというのは、あるのかもしれませんが、かなり窮屈な解釈です。家族パスをもらって出国するので、その時点で普通は日本の非居住者になると思います。１８３日マレーシアで働くのも許可がいるといえばそうです。無理を承知でやってみるのもいいかもしれません。あまり役にたたなくてすいません。会社が協力してくれるならうまくいくかもしれません。