法人税に於ける上場株式の中長期投資の扱い

ご理解の通り、有価証券は保有目的によって取り扱いが異なるわけですが、
投資を行った当初からその意図が明確であるかどうかによって実務上判断されます。

当初から短期的な値上がり、売買益の取得目的であれば売買目的～
満期まで保有する意図をもって投資を行ったのであれば満期保有目的～
支配や影響力の行使目的で一定数以上の取得であれば子会社および関係会社株式
それ以外であればその他有価証券になります。

例としてご提示頂いておりますが、購入時数年保有するつもりならその他有価証券として計上、損切り等で売却したのであれば売却損が計上されます。
専担者売買と言えるほどの状況は、例えば大きな会社でトレーディング専用の部署を設け、そこで行われる取引等、客観的にも意図が明らかな状況と考えられます。

また、「短期売買～表示したもの」とは、会社が短期で売買することを意図して取得し、その旨を帳簿書類に記載したのであれば短期売買目的として処理してください、というものです。
通達2-3-67の事ですよね？
表示していない（帳簿にその旨の記載をしていない）のであれば、その他有価証券で処理されるでしょう。

あくまで会社の株式取得時の意図がどうかで処理が変わる、ということです。
製造業の社長が片手間で行ってもそれが明確に短期的な値上がりによる売買益取得目的であれば売買目的有価証券が妥当でしょう。
厳密に「月に何件の取引があれば売買目的だ」等客観的なものを示すことはできません。
会社が取引を行った時の意図通りに会計も処理することが適切なので、短期売買の表示も必要があれば行うことになると考えます。