特殊支配同族会社について

結論
「同族だから事前確定届出給与が損金にならない」という説明は不正確です。
ただし、B社・C社が（いわゆる）特殊支配同族会社に該当し、かつ支給対象がその範囲の役員である場合、事前確定届出給与でも損金不算入になる（＝経費にできない）ケースが現実にあります。
つまり、同族かどうかではなく「特殊支配同族会社に該当するか」「対象役員が誰か」「給与の種類」で結論が変わります。

理由
役員給与の損金算入は原則として
定期同額給与
事前確定届出給与
利益連動給与（上場等の限定）
の枠で決まります。

一方で、特殊支配同族会社に該当する会社には、役員給与のうち一定のものを損金に入れられない（上限規制）とする別ルールがあり、これに引っかかると「届出してもダメ」が起こります。

相談者様の状況で“まず疑うべきポイント”
A社・B社・C社すべて、代表者が100%株主
つまり、B社・C社は100%同族会社で、グループ全体でも支配が強い
この構造だと、B社・C社が特殊支配同族会社に該当する可能性は高いです。
該当した場合に問題になるのは、特に
役員の給与（とくに高額給与）
事前確定届出給与（賞与）
です。

「経費にならない」になりやすい典型パターン
次のどれかに当てはまると、税理士先生が言っている趣旨（損金にならない）は正しいかと思います。
1) B社・C社が特殊支配同族会社に該当している
→ 役員給与の損金算入に別制限がかかる
2) 支給しようとしているのが、代表者（1人株主）への賞与である
→ “届出”しても、そもそも制限対象に当たりやすい
3) 事前確定届出給与の要件自体が満たせていない
（届出期限、支給日・金額の固定、株主総会決議、議事録、実際の支給一致など）
→ これは同族関係なく全額アウトになります

逆に「経費にできる」可能性があるパターン
代表者ではなく、別の役員で
職務内容
報酬水準
会社業績とのバランス
が合理的で、特殊支配同族会社の制限に引っかからない形

もしくは「賞与」ではなく、定期同額給与（毎月固定）で設計し直す
（この方が実務上かなり安定します）

実務での安全な進め方
B社とC社が特殊支配同族会社に該当するか判定（ここを曖昧にすると事故ります）

該当するなら、
事前確定届出給与ではなく
定期同額給与中心に組み直す
どうしても賞与にしたいなら、
会社の利益見込み
役員の職務
グループ内取引
金額妥当性
を証拠で固めた上で、リスクを見積もるのがよろしいでしょう