海外FX口座に仮想通貨で入金した場合の損益通算について

海外FX口座に反映されるまでに1万円手数料を取られていますが、その後海外FXの取引にて手数料分1万円の利益を出した場合に損益通算して±0円と考えてもよろしいのでしょうか？

　⇒そのお考えで結構です。
それとも確定申告の時に手数料として別に申請しなければいけないのでしょうか？

　⇒申請の必要はありません。お手元に計算根拠がわかるものがあれば大丈夫です。
もしくは海外FXと仮想通貨の手数料は損益通算？できないのでしょうか？

　⇒いずれも「総合課税の雑所得」ですので、合計することができます。

以下例示いただいた条件で順番に示していきますね。
１　ビットコインの購入
a　収入金額　0
b　取得価格　300000
c　必要経費　3000
　⇒　d ビットコイン関係の所得金額　（a-c　-3000）
　　　（bの取得価格は売却した時に売却価格（収入金額）から差し引きます）

２　海外FX
e　収入金額　10000
f　必要経費　10000
　⇒　g　海外FXの所得金額　（a-b　0）

総合課税の雑所得の金額
　⇒　d+g　-3000

となります。損失の繰越規程もありませんので、ほかに申告しなければいけないものがなければ、特に申告いただく必要もございません。