不動産購入後の税務署からのお尋ねについて

資金原資がどこからなのかを確認するための「お尋ね」文書ですから、明確に回答しなければなりません。
回答が不明確であれば税務調査に移行される可能性があります。
不動産の持分に応じて資金を負担するのが当然のことであり、一方で貸借があったのであれば、それを証明する契約書を添付すべきです。

売買代金を分割で払うという契約の場合、2回目(翌年の予定)、3回目(翌々年の予定)以降の支払も税務署にエビデンスを提出するのでしょうか。

お尋ね文書が来た時点でまだ未払いであれば、誰がどこから支払うかを知らせれば足ります。
ただし、支払後にそのとおり支払われたかどうかを確認される可能性はあります。

ありがとうございます。
お尋ね文書は、どの程度の割合で、どのような人に送られてくるのでしょうか。

税務署では、法務局からの情報で登記原因が売買であることがわかるので、その基準は分かりませんが、ほぼもれなく不動産購入者にお尋ね文書を送ることはできます。