円貨決済すると決済した外貨を総平均法の取得価額の計算に含める？

証券会社はあとで売却損益を計算するために、株取得の円価額を決めているとおもいます。それと違うレートは使わないほうがいいとおもいます。

言葉足らずですみません。株の総平均法の取得価額や売買益ではなくドルの総平均法や為替差益の話で、ドルで株購入やドルを円にした時の外貨の為替差益についてです。
例えば円貨決済で1株1ドル150円で取得だけなら為替差益はないのですが、別の口座などで1ドルを100円で取得していると(150円+125円)/2ドル=1ドル辺り取得価額125円になり、もし円貨決済でドルを取得したと仮定するならば、上記の円貨決済の株購入は1ドル150円-(1ドル取得価額125*1個)=25円の外貨の為替差益で雑所得が出るのではないかという質問です。

雑所得（為替損益）と売買損益が重ならないようにやるのがいいというアドバイスです。あなたのやりかただと重なるような気がしました。重ならないならそれでもいいです。証券会社は売買損益は計算しますが、為替損益は計算しません。