11年前に家を建てた親名義の土地を取得したときの不動産取得税の減税申請について

① 結論
今回の土地取得は、不動産取得税の「住宅・土地の軽減（家屋とセット前提）」の対象外と考えるのが適切でしょう。
理由は、住宅新築から11年経過しており、軽減のタイミング要件（家屋取得・新築と土地取得が一定期間内であること）を大きく外しているためです。したがって、原則は固定資産税評価額を基にした不動産取得税（税率3％が一般的）の納税が前提になります。
※細部は都道府県の取扱い・経過措置でわずかに異なります。

② 理由
不動産取得税の主な軽減は
新築住宅本体の軽減
住宅用土地の税額控除（家屋とセットの取得・一定期間内）
で構成されています。
ご相談は「既に11年前に建てた家の敷地を、今（2025年）になって取得」。
→ 家屋と“同時・近接”の取得ではないため、住宅用土地の控除は原則対象外かと思います。
そのため、今回届いた「減税申告のご案内」は、標準的な案内が一律に送られているだけで、実質は該当なしと判断したほうがよいでしょう。
③ 実務の進め方（ご提案）
県税事務所の通知どおりに必要事項を確認し、「住宅新築は11年前、今回の取得は土地のみ」と記載・相談。
→多くの自治体はこれで“軽減対象外”の回答になります。
税額は概ね 評価額×3％（土地は3％が一般的）。
※「課税標準の特例（1/2）」等の経過措置が残っているかは都道府県ごとなので、通知に記載の算式を確認してください（自動適用の自治体もあります）。
納付期限までに支払い。延滞金を避けるため、控除適用の可否は先に県税へ電話確認したほうがよいでしょう。
④ 売買価格と評価額の差額（相続時精算課税）との関係（注意点）
不動産取得税は取得原因を問わず課税（相続のみ非課税）です。
→ 売買・贈与いずれでも課税対象。
今回のように評価額＞売買価額で差額を相続時精算課税の贈与として申告予定でも、不動産取得税の計算自体は固定資産税評価額を基礎に行われ、原因別に税額を分ける運用は通常しません（登記原因・実質関係で県税が総合判断）。
相続時精算課税の贈与税申告（翌年3/15まで）は税務署、不動産取得税の軽減可否は県税と所管が異なるので、それぞれで手続します。
→ 贈与契約書、売買契約書、評価額根拠、送金記録は両方の説明資料として必ず保管してください。

丁寧なご回答ありがとうございました。
よくわかりました。
納税通知が来ましたら、予定通り納税することにします。