フリーランス、報酬、税金について

あまりそのような表現で見ることはありませんので、詳細をお聞きしたほうが良いかと思います。
もしかすると、消費税の適格請求書発行事業者への登録を促す内容かもしれません。消費税の適格請求書発行事業者へ登録するとフリーランスの方で売上が1000万円に届かなくても消費税の納税義務が生じます。

今後課税対象になるので、フリーランスの方からも負担いただく事になるというのは、インボイス登録をしてほしいということだと思われます。

ご認識の通り主に消費税の話である可能性が高いです。委託先が課税事業者となり、仕入税額控除の観点から、インボイス未登録のフリーランスに対しては消費税相当額の支払を見直す、すなわち報酬の減額や消費税分の負担を求めるケースが生じています。

ただし、委託先が税金を「徴収」するわけではなく、あくまで契約上の報酬条件の調整に過ぎません。ご自身が課税事業者となれば、受領した消費税は後に申告・納付する義務が生じます。契約書や請求条件を一度確認されることをお勧めいたします。