ネット回線代とスマホ代合算される、経費としてネット回線代だけを仕分けしていいのか

　ご質問の運用方法は、個人事業主の記帳実務として一般的であり、税務上も問題ありません。
1. 記帳の簡略化（ネット代の40%のみ計上）について
　問題ありません。
　本来は全額を「通信費」と「事業主貸」に按分するのが丁寧ですが、実務上は経費になる金額（ネット代の40%相当）のみを抽出して1行で記帳する手法も広く認められています。ポイントとして、税務調査の際、なぜその金額になったのか説明できるよう、通信会社からの請求明細（ネット代とスマホ代の内訳がわかるもの）を保存しておき、計算根拠（例：ネット代5,000円×40%＝2,000円）を明確にしておけば十分です。
2. 記帳のタイミング（引落日のみ）について
　原則として問題ありません。
　個人事業主の場合、少額かつ継続的な経費（公共料金や通信費など）については、発生主義（未払金処理）を厳密に適用せず、現金主義的な処理（支払日・引落日の記帳）を継続して行うことが実務上容認されています。注意点としては、毎年「12月分（翌年1月引落分）」だけは、その年の経費にするために発生主義で記帳するか、あるいは毎年「1月〜12月の引落分」を計上するというルールを継続して守る必要があります。
3. 決済口座の扱い（事業主借の利用）について
　その理解で正しいです。
　生活用口座から支払っている場合、貸方を「事業主借」とすることで、会計ソフト上の残高と実際の通帳残高を一致させる必要がなくなります。

　仕訳例（ネット代の40%が2,000円の場合）：
　借方：通信費 2,000円 ／ 貸方：事業主借 2,000円
　この方法であれば、事業に関係のないスマホ代や生活費の動きを帳簿に反映させる必要がなく、管理が非常に楽になりますね。

お世話になります。
非常に分かりやすく、丁寧なご回答をいただきありがとうございます。

疑問に思っていた「経費分のみの1行記帳」や
「事業主借の活用」が税務上も問題ないとのことで、安心いたしました。

そこで一点だけ追加で質問をさせていただきたいのですが、
この場合における　発生主義の年をまたぐ仕分けについて、

一括で引き落としされる金額は
ネット代とスマホ代を合わせた金額が引き落とされる中、
ネット代を5000円としまして40%分の2000円で下記の計上で
行ってよいのかを、お尋ねしたいです。

12月 ：通信費 2,000円 ／ 貸方：未払い金 2,000円
翌年1月：未払金 2,000円 ／ 貸方：事業主借 2,000円

何卒よろしくお願い申し上げます。

　40％の割合が正しいのであれば、2000円の仕訳は記載の通りでよろしいと思いますよ。

お世話になっております。

大変迅速かつ明快なご回答をいただき、心より感謝申し上げます。
おかげさまで、
抱えていた疑問を解消することができ、大変安堵いたしました。

貴重なアドバイスをいただき、誠にありがとうございました。
心よりお礼申し上げます。

　参考になって良かったです。よろしくお願いいたします。