還付申告をまだしていない個人事業主の国保と住民税

結論から申し上げますと、今回遅れて還付申告をすること自体に住民税や国保税の重いペナルティ（加算税など）は原則ございません。
＊所得税の還付申告は本来の期限から5年以内であればいつでも可能だからです。

ただし、申告を行うと税務署から市役所へデータが共有され、市役所が経費を引いた正しい所得を再計算します。その結果、本来納めるべきだった住民税と、正しい金額に再計算された国保税の「追加の納付書」が後日新たに届きます。 この新しく届く納付書の期限内に支払えば、延滞金などもかかりません。

現在、収入が半減し一括払いが厳しい状況とのことですが、自己判断で支払いの優先順位をつけ、一部を未納のまま放置することはお避けてください。 放置すると督促状が届き、最終的に口座等が差し押さえられるリスクがあります。

還付申告を済ませたら、必ず以下の窓口へ行き「払う意志はあるが、収入減で一括は厳しい」と相談してください。

国民年金： 年金事務所または市役所の窓口で「保険料の免除・納付猶予制度」を申請する（収入が減っている場合、承認されやすいです）。

住民税・国保税： 市役所の税務課・保険課へ行き、「分割納付（分納）」や「減免」の相談をする。

事前に相談すれば、無理のない支払い計画に柔軟に対応してもらえるかと存じます。
まずは還付申告を行い、各窓口へ早めに相談へ行ってみてください。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

早朝にも関わらず丁寧なお返事をありがとうございます。税金のことで頭がいっぱいで眠れずにいました。お答えを見て少し安心出来ました。ちょうど市役所から所得のお尋ねの手紙も来ていたようです。怖がらず市役所にも連絡しなくてはいけないですね。過去数年ちゃんと還付申告をしていましたが、体調不良、パソコン故障もあり5年以内にすれば良いと思ってしまいこうなってしまいました。