還付申告をまだしていない個人事業主の国保と住民税

結論から申し上げますと、今回遅れて還付申告をすること自体に住民税や国保税の重いペナルティ（加算税など）は原則ございません。
＊所得税の還付申告は本来の期限から5年以内であればいつでも可能だからです。

ただし、申告を行うと税務署から市役所へデータが共有され、市役所が経費を引いた正しい所得を再計算します。その結果、本来納めるべきだった住民税と、正しい金額に再計算された国保税の「追加の納付書」が後日新たに届きます。 この新しく届く納付書の期限内に支払えば、延滞金などもかかりません。

現在、収入が半減し一括払いが厳しい状況とのことですが、自己判断で支払いの優先順位をつけ、一部を未納のまま放置することはお避けてください。 放置すると督促状が届き、最終的に口座等が差し押さえられるリスクがあります。

還付申告を済ませたら、必ず以下の窓口へ行き「払う意志はあるが、収入減で一括は厳しい」と相談してください。

国民年金： 年金事務所または市役所の窓口で「保険料の免除・納付猶予制度」を申請する（収入が減っている場合、承認されやすいです）。

住民税・国保税： 市役所の税務課・保険課へ行き、「分割納付（分納）」や「減免」の相談をする。

事前に相談すれば、無理のない支払い計画に柔軟に対応してもらえるかと存じます。
まずは還付申告を行い、各窓口へ早めに相談へ行ってみてください。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

早朝にも関わらず丁寧なお返事をありがとうございます。税金のことで頭がいっぱいで眠れずにいました。お答えを見て少し安心出来ました。ちょうど市役所から所得のお尋ねの手紙も来ていたようです。怖がらず市役所にも連絡しなくてはいけないですね。過去数年ちゃんと還付申告をしていましたが、体調不良、パソコン故障もあり5年以内にすれば良いと思ってしまいこうなってしまいました。

還付申告書も確定申告書の一つなので、今から出せば、その日に住民税の申告をしたことになります。市はその内容をもとに、住民税と国保税を計算し直します。

住民税の延滞金は、納期限を過ぎてから納めた場合にかかるものです。計算し直した分は、新しく届く納付書の納期限までに納めれば延滞金はかかりません。

市が去年の所得をつかめていなかったのは、給与なら会社が市区町村へ給与支払報告書を出しますが、源泉徴収された報酬の支払調書の提出先は税務署だからです。市から届いた所得のお尋ねには、還付申告をしたことを書いて返してください。

国民年金の保険料の免除は、今年の収入ではなく前年の所得をもとに審査されます。免除を申請するなら、先に還付申告を済ませて、経費を引いた前年の所得を確定させておいてください。

更にご回答頂きありがとうございます。未申告後、本来住民税の通知が届く期間以外になること自体がペナルティになるものとそちらも勘違いしておりました。国民年金免除は先日却下されてしまい恐らく還付申告により所得が減っても却下されると思います。7月から6月までを1年としているようですので前々年(確定申告済)の所得を参照しているものかと？基準を満たす所得があると思われたならそれも仕方ありません。とても分かりやすいお返事に感謝いたします。ありがとうございます。

所得税の還付申告を５年間提出できることと、住民税・国保の所得申告期限は別に考える必要があります。納付書が届いていないことだけでは非課税や所得把握の状況は判断できません。まず売上・必要経費・源泉徴収額を整理して申告し、市からのお尋ねには提出状況を伝え、住民税・国保の再計算、納期限、延滞金等の扱いを担当窓口へ確認してください。年金免除は対象期間に対応する本人・配偶者・世帯主等の所得で審査するため、却下通知と申告書控えを持って年金事務所へ確認するとよいでしょう。支払いが難しい旨も早めに相談し、申告内容は近隣の税理士事務所で確認されるとよいと思います。

ご回答ありがとうございます。8年程確定申告（還付申告）をしておりますが、時期が外れたのを機に市町村の住民税、国保税の仕組みは今回再認識致しました。住民税等は会社員以外別であるとの認識が欠けておりました。中々面倒で難しいというのが正直な気持ちです。わかりやすい説明を頂き感謝致します。当たり前ですがやはり専門家の皆様はすごいなぁ、と率直に感じました。