矛盾した状態で申告しても良いのでしょうか

不動産所得で必要経費にしたものを、さらに譲渡所得の取得費として二重に控除することはできないと思われますので、不動産所得の必要経費として計上した減価償却費は、譲渡所得の取得費の計算をする上での償却費累計額に含めて計算すべきと考えます。

　不動産貸付けや事業などに供していた建物等を譲渡した場合の譲渡所得を計算する際の取得費の額は、取得価額から減価償却費を控除した残額である未償却残高とされていますので、ご質問の「標準建築単価」による方法は採用できません。もっとも、減価償却費の計算の基礎とした取得価額が誤っていた場合には、その金額の修正が先決となりますが、その場合には既に申告済みの過去の不動産所得の是正を要することとなります。

実は毎年とは言え、減価償却費を必要経費に入れて不動産所得を青色申告してきたのはH26からです。ご回答の意味は、譲渡所得の取得費を計算する上で、H26からの不動産所得の申告で必要経費（減価償却費）にしてきた累計額を省いて計算するということでしょうか？でも、その場合、建物価額、償却率はどちらを適用すれば良いのでしょうか？

加門成昭先生にご質問致します。「譲渡所得の内訳書」を作成するにあたっては、この所得税青色申告決算書（不動産所得用）のなかの減価償却の計算にある未償却残高が建物の取得費となるわけですね。これに土地購入代金、購入時諸費用を加えたものを取得費とするわけですね。それでは、「建物の償却費相当額を計算します」の欄はどのように記入すれば良いのでしょうか？

この欄は、非業務用の建物などで未償却残高の計算がされていないものについての計算ですので記載の必要はありませんが、償却費相当額のところにマイホーム時代の償却費相当額と業務時代の減価償却費の累計額との合計額を記載することでもかまいません。結論は、取得費を計算する際に既に償却済みの償却費相当額と減価償却費を取得原価（購入価額等）から控除するとうことです。ついでに申し上げれば、税務署において決算書の未償却残高と内訳書の取得費を照合チエックするということです。

加門成昭先生、ありがとうございました。分かりやすくご説明頂き、お蔭さまで「譲渡所得の内訳書」をすべて記載することができました。ほんとうにありがとうございました。