直系尊属から住宅取得等資金の贈与を受けた場合の非課税を受けたい場合の面積について

結論から申し上げますと、ご相談の手法、すなわち共用部分を区分登記により切り離し、住宅部分の床面積を240㎡以下に調整することで、「直系尊属からの住宅取得等資金贈与の非課税制度」の適用を受ける——ことは形式上は可能です。

しかしながら、税務においては実態重視の原則が貫かれます。共用部の機能や構造上の一体性、また贈与者と受贈者の関係性を含め、租税回避と見なされるリスクは否定できません。不動産番号が個別に付された場合でも、建物全体としての利用実態を国税側が把握することは可能であり、調査対象となった場合には「一棟の住宅」として判断されるおそれがあります。

より確実に非課税制度を適用するには、登記前の段階で住宅部分のみを贈与対象とし、その部分の持分に対する贈与であることを明確に記録・証明することが望ましいと考えます。制度活用にあたっては、形式ではなく実質を整えることが肝要です。

三嶋先生、ご回答誠にありがとうございました。（ベストアンサーにさせていただきました。）

念のため、再度お教えいただきたいのですが、（当初質問した、「共有部」だけ分離、ではなく）賃貸部分と住宅部分とで分けて区分登記を行い、かつ「住宅部分のみに贈与」の旨を明記した贈与契約書を締結することで、「実質を整えた」ことになり、当非課税制度の適用を受けることは可能になりますでしょうか。
お手数ですがご教示いただけますと幸いです。よろしくお願いいたします。

ご質問の件につきましては、賃貸部分と住宅部分を明確に区分登記したうえで、贈与契約書に「住宅部分のみを贈与の対象とする」旨を明記することで、住宅取得等資金贈与の非課税特例の適用対象となる可能性がございます。当該制度では、実質的に居住用の不動産取得を目的とした贈与であることが要件とされており、ご指摘のように契約内容と登記上の整合性が確保されていれば、実質要件を満たすものと解されます。ただし、実際の居住実態や使用状況等も含め、総合的に判断される点にはご留意ください。