住宅購入時の住宅資金贈与とその対応について

一度税務署の資産税課の方と相談するとよいです。
後で心配より良いでしょう。

結論から申し上げますと、妻の資金が住宅購入に充てられ、登記上の持分割合が適切になされていれば、税務上問題にならない（贈与とみなされない）可能性が高いかと存じます。

ただし、ご検討されている内容において、実務上クリアすべきポイントが以下2点ございます。
1. 登記の「持分割合」の計算
「諸費用分も含めた約7,000万円のうち1,000万円分を妻とする」というお考えは、税務上のリスクを孕んでいます。
不動産の持分割合は、原則として「物件価格（6,500万円）」に対する出資割合で計算します。
諸費用（ローン関連費用、登記費用、仲介手数料など）は不動産の登記上の物件価格には含めません。
そのため、妻が物件に1,000万円拠出するのであれば、妻の持分は「1,000万/6,500万」、夫の持分は「5,500万/6,500万」とするのが基本かと存じます。
7,000万円を分母にすると出資額と登記上の持分にズレが生じ、その差額が夫婦間贈与とみなされる可能性がございます。

2. 資金移動の証拠保全
銀行システムの都合でどうしても主債務者（夫）の口座を経由する必要がある場合、単なる「決済のための資金経由」であることを以下のようなかたちで明確にする必要がございます。
●妻から夫への送金は、極力決済日当日に行う。
●振込時の摘要欄に「住宅購入資金」等と明記する。
●資金の流れが繋がっていることを証明するため、両者の通帳履歴、売買契約書、決済時の精算書をセットで確実に保管する。

なお、直系尊属(妻の両親)からの住宅資金贈与の非課税特例の適用には、期限までの入居と、非課税枠内であっても翌年の贈与税申告が必須となりますので、併せてご留意ください。

以上となります。
今回の一連のお取引のご参考になりましたら幸いです。

ご回答ありがとうございます。
ご指摘の2点は気にしていた部分でしたので大変助かりました。