二世帯住宅での資金の払い方について

共有にしてしまうと連帯債務ローンになってしまいますのでどれだけ負担するか、ローンの部分償還する時など税務上のことを考える必要があります。それぞれ区分所有登記を行い、それぞれが住宅ローンを組まれるとよいかと思います。分譲マンションの部屋を2室に分けて購入するイメージです。デメリットとしては登記の際に費用が多めにかかります。あと、注意することとしては叔母さんが亡くなった後の承継者はどうなるのか？でしょうか。それも考慮すると区分所有登記の方がよいかと考えます。

　叔母様と共有の住宅を建てる予定ということですね。
　まず、敷地については、無償であってもなんら課税の問題は生じません。（「使用貸借」にあたります。）
　次に住宅を共有を前提で取得する場合の資金についてですが、総額のうち、どのような割合で拠出するかについては自由です。総額3,000万円のとき、仮に叔母様が2,000万円、質問者様1,000万円であれば拠出割合はそれぞれ3分の2、3分の1になります。
　しかし、この場合でも建物の所有権登記を各2分の１ずつとすることも可能ですが、その場合、質問者様は500万円を叔母様からもらった（贈与があった）との認定を受けることになります。
　その点、拠出割合どおりの3分の2、3分の1による共有持ち分登記では、なんらの課税問題も起きません。
　もし、質問者様が叔母様の推定相続人で、かつ叔母様は基礎控除を超える資産をお持ちということであれば、少しでも早めに贈与を行っていくことは、節税対策の一方となり得ます。
　ご参考になれば幸いです。