小規模宅地の特例の適用

結論
ご記載の前提関係のままでは、小規模宅地等の特例の適用は「不安定（否認リスクあり）」です。
ただし、一定の条件整理・登記関係の見直しができれば、母が相続する父持分について特例適用が可能になる余地はあります。

まず結論の整理
母が父の土地持分を相続する点自体は、小規模宅地の特例の対象になり得ます
ただし
土地上の建物の使用実態
父が「居住の用に供していた家屋」と評価できるか
二世帯・別世帯・区分登記の状態
これら次第で 適用可否が分かれます

「区分登記のままでも絶対OK」とは言えません（ここが最大の注意点）

理由①　小規模宅地（特定居住用宅地等）の基本要件
父が亡くなった場合、母が相続する土地について特定居住用宅地等（330㎡まで80％減額）が適用されるには、父が その土地上の建物に居住していたこと、その建物が 父の居住用家屋と評価できること、相続人（母）が 配偶者であることが必要です。

配偶者（母）は最も要件が緩く、同居・別居を問いません
したがって「母が相続する」という点は非常に有利です。

理由②　「建物の評価」
今回の状況では、税務上ここが一番見られます。
現在の状態
土地：父母50/50共有
建物：
片側：父名義
片側：息子名義
玄関2つ、内部は接続、行き来可能
区分登記を解消予定（＝現在は区分建物）

税務上の見方
税務署は
「父は、父名義建物に居住していたのか？」
「土地全体が“父の居住用宅地”といえるのか？」
を見ます。

危険なポイント
建物が区分登記のまま
父名義建物と息子名義建物が実質的に独立しているように見える
父の居住部分が土地の一部に限定されると評価される
この場合「土地全体ではなく、父居住部分に対応する敷地のみが対象」とされるリスクがあります。

理由③　「共有登記に変更予定」について
建物を共有登記に変更する予定とのことですが相続発生“前”に整理できるかどうかが極めて重要です。

相続前に
建物を一体建物として共有登記
実態として二世帯住宅（内部行き来可）
父が建物全体を居住用として使用

この状態であれば、
土地全体が「父の居住用宅地」と評価されやすく、母が相続する父持分について小規模宅地の特例（330㎡まで80％減）適用が現実的になります。

建物が区分登記のままの場合
結論をはっきり言うと、絶対に不可とは言いません
しかし税務調査時に否認されるリスクは明確に上がります
特に、
父の居住範囲が物理的に区切れる
電気・水道・生活動線が実質別
と判断されると、「父の居住用敷地は一部のみ」とされやすいです。

実務
① 相続前にできるなら
建物の区分登記を解消
一体建物として共有登記
父の居住実態（住民票・光熱費・生活実態）を明確化

② 相続時にどう申告するか
父の持分に対応する土地について「特定居住用宅地等」として申告
建物図面・写真・生活実態資料を保存

良波先生　詳細なる分析と示唆に富むご回答、ありがとうございます。