源泉所得税の誤控除に係る対応について

お世話になります。

ご質問に対する回答）
↓
①
はい、源泉税の納付の話と、給与計算の話は、別となりますので、質問者さまのご認識のとおりとなります。

②
はい。実務上しばしば生じます。還付請求は源泉徴収簿など税務署とのやりとりが面倒なため、納付する分に充当して済ませることも問題ありません。

ただ、納付書の記載で、直接マイナスするのではなく、年末調整の欄でマイナスして、摘要欄にメモすることをおすすめ致します。

あと、修正後の法定調書合計表の提出も必要と考えます。

③
何も指摘されません。そもそも多く国庫に納税していた分を遅れて充当しただけですので、何か問い合わせを受けてもありのまま説明するだけで足ります。


他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になりましたら幸いです。

山本税理士様

ご回答いただき、ありがとうございました。大変参考になりました。

令和8年分の年末調整は同年分の給与・控除・源泉徴収税額で計算し、令和7年分の返金を混在させない整理が必要と考えられます。給与の誤納額には還付請求のほか、届出後の納付額へ充当する手続がありますが、年末調整過納額とは取扱いを分けます。既に無届で差し引いた分まで、2年合計が合うだけで適正とは断定できません。訂正前後の源泉徴収簿・納付書・給与返還や還付の記録を税務署へ示し、適用手続と過去の納付訂正を確認してください。金額の大小だけで指摘の有無は判断できません。

※本回答は一般的な情報提供を目的としたものです。詳細な判断は管轄の税務署への確認や、税理士への個別相談をお願いいたします。

ご質問の順にお答えします。

①について ご認識のとおりで差し支えないと考えます。所得税法190条1号は、年末調整で精算する税額を「その年中に」支払うべきことが確定した給与等につき徴収された又は徴収されるべき所得税としています。令和8年分は、令和8年の給与と、その給与から本来徴収した税額だけで計算します。令和7年分の還付額は従業員ごとの令和8年分の源泉徴収簿には入れず、別途記録しておくのがよいと思います。

②について 考え方として「令和7年分の納めすぎを令和8年分で精算した」という実態の説明は可能ですが、手続の面では次の点に注意が必要です。 年をまたいで源泉徴収票の作成後に再計算して生じた差額は、一般に年末調整の過納額（所得税法191条）ではなく、源泉所得税の誤納額として扱われます（所得税基本通達181〜223共-6）。誤納額は税務署から還付を受けるのが原則（国税通則法56条、「誤納額還付請求書」）で、給与に係る誤納額については、例外として「誤納額充当届出書」を提出すれば、以後に納付する源泉所得税から控除できます。 ただ、同通達は控除できる対象を「届出書を提出した日以後に」納付すべき源泉所得税と定めています。このため、届出前に差し引いた月は、形式上はその月の納付額が不足している状態になります。 対応としては、早めに所轄税務署へ経緯を説明し、例えば次のどちらで整理するかを相談するのが確実です。 ・不足した月分を納付し直したうえで、令和7年分の誤納額について還付請求をする ・届出書の提出を含めて税務署の指示に従って整える 添付資料としては、再計算の明細、訂正前後の源泉徴収簿、該当月の徴収高計算書の写し、従業員へ返金した記録を用意しておくとスムーズです。 あわせて、令和7年分の源泉徴収票を訂正して従業員に再交付し（税務署への提出対象者であれば税務署にも再提出）、市区町村への給与支払報告書も訂正分を提出してください。住民税の税額にも影響するためです。

③について 指摘の有無は断定できません。国庫全体では過不足がないため、実害は通常小さいと考えられます。ただ、法定納期限までに納付されなかった源泉所得税には不納付加算税の規定があります（国税通則法67条。税務調査前に自主的に納付した場合は5%に軽減、正当な理由があれば課されない）。届出前の控除月は、形式上この「納付不足」に当たる余地があります。調査で指摘を受ける前に自ら手続を整えておくほうが、説明もしやすく安全だと思います。

坂根税理士様、後藤税理士様

丁寧な回答をいただき、ありがとうございました。大変参考になりました。