源泉徴収票に通勤手当が含まれているが訂正してもらえない

お世話になります。

ご質問に対する回答）
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実際の交通費と関係なく、全従業員に一律に一定額を支給する場合、非課税の通勤手当と扱わずに、課税対象の給与に含めて処理するケースがあるものと考えます。
　
しかし、質問者さまの前提では、

>雇用契約書には基本賃金(時給)と通勤手当(一律1000円)が別に記載されて ...
　
とのことですので、たとえ給与明細書では日給に一律に含んでいたとしても、雇用契約書においては区分識別できるわけですし、質問者さまの実際の通勤費が1000円以上であり、実費の一部補填として支給されていることが客観的に証明できる場合は、通常の給与に加算して受ける通勤手当に該当するものとして認められ、非課税の通勤手当と扱う余地があると考えます。

この場合は、勤務先に改めて相談されることをおすすめ致します。

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参考）

「給与明細書等において、通勤費の実費部分の額が通常の給与に加算して支給される通勤手当として区分識別できるのであれば、所得税法第9条第1項第5号《非課税所得》に規定する非課税の通勤手当として認められます。」

「定額の範囲内で支給される通勤費の実費が、最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤経路及び方法による運賃等の額であり、かつ、その部分の金額が区分識別し得るものであれば、通常の給与に加算して受ける通勤手当に該当するものとして認めて差し支えないものと考えられます。」

国税庁　質疑応答事例
通勤手当と住宅手当を合算して支給する場合の取扱い
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/gensen/03/22.htm

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他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になりましたら幸いです。

雇用契約書には基本賃金(時給)と通勤手当(一律1000円)が別に記載されています。
先方に問い合わせたのですが、「交通費を日給に一律に含んでいるため、源泉徴収票に給与として含まれる形になります」との回答でした。
この場合確定申告する際に、通勤手当込みでの申請をしなければならないのでしょうか？
それとも通勤手当は非課税のはずなので引いてもよいのでしょうか?

源泉徴収票の金額を変えることはできない。
よろしくお願いいたします。
私文書偽造になります。

雇用契約書には基本賃金(時給)と通勤手当(一律1000円)が別に記載されていれば、通勤手当は非課税と考えてよいと思います。

通勤手当が非課税となるためには、最も経済的かつ合理的な通勤経路・方法による運賃等の範囲内であることが必要です。

今回のように、実際の通勤費にかかわらず一律1,000円を支給している場合、雇用契約書に通勤手当と記載されているだけで、非課税となるわけではありません。

勤務先が給与として課税処理しているのであれば、原則として発行された源泉徴収票の金額に基づいて確定申告を行うことになります。
非課税要件を満たしていると考える場合は、勤務先に確認し、必要に応じて源泉徴収票の訂正を依頼してください。確定申告の際に、ご自身の判断で通勤手当相当額を差し引くことはよろしくないと考えます。