特定口座（源泉徴収あり）で確定申告した場合の住民税納付に関して
会社員です。
昨年の給与収入は800万円程度、給与所得は600万円程度です。
ふるさと納税や中小企業向け寄付（エンジェル税制）を行ったため、
特定口座（源泉徴収あり）の所得と併せて確定申告をしました。
”所得税の申告内容確認票B 第二表” において、
”住民税の納付方法” を ”自分で納付” に選択していたため、
居住地の区役所より住民税の納付通知書が来ました。
株式譲渡所得割額控除額：50,253円
都道府県、市町村への寄付：46,000円
普通徴収税額（納付税額）：45,300円 ←納付通知書が来ました
これを納付した場合、
証券会社による源泉徴収分の住民税と併せて、
二重での納付となってしまうのではないかと疑問に思っています。
（証券会社から税務署への納税は、1月に実施済みの認識です。）
重複分は後日に還付、もしくは翌年の住民税から控除されるのか否か。
そもそも重複徴税にはなっていないのか。
など、詳細を教えて頂きたいです。
宜しくお願いいたします。
税理士の回答
土師弘之
上場株式等に係る譲渡所得について、申告分離課税を選択した場合には、所得税の源泉徴収に合わせて住民税も特別徴収されています。（所得税15.315％、住民税5％）
この住民税５％に当たる部分を「株式譲渡所得割額」といいます。
そして、申告分離課税を選択した場合には、上場株式等の譲渡所得を所得割の課税標準に含めて計算し、所得割額から「株式等譲渡所得割額」を控除します。
したがって、住民税課税通知書に「株式等譲渡所得割額控除額」の記載があるのであれば、証券会社が特別徴収した住民税の「株式譲渡所得割額」は、住民税の計算上控除されているはずです。
住民税の追加納付税額が多いのではないかと感じておられると思われますが、住民税の所得割の税率は通常10％です。
源泉分離課税では５％ですので、申告分離課税を選択すると、納付すべき住民税の税額は当然増えることになります。
ご回答ありがとうございます。
源泉徴収（源泉分離課税）では5%、
申告分離課税では10%（但し源泉徴収分は控除して計算される）、
と理解できました。
損益通算が無いにも関わらず特定口座（源泉徴収あり）を確定申告に含めてしまうと、
含めない場合と比べて余計に住民税が徴収されてしまうのですね。
本投稿は、2022年06月09日 20時04分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。
