輸出代行を利用した場合の輸出免税の適用について

輸出免税は輸出許可書（インボイス）の輸出申告者でないと適用を受けることができませんので、輸出申告者が商社であれば輸出免税の対象とはなりません。

ご返答ありがとうございます。

国税庁ホームページの次の制度は利用できないのでしょうか？
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/11/01.htm

名義貸し取引として所定の書類の交付を受け、交付を受けた書類の写しを確定申告書に添付することで、リンクされた制度の適用を受けることはできます。
文面からは商社名義で輸出申告と記載されているだけで、名義貸し取引との判読ができなかったため原則的取扱いを回答しました。

説明不足でした。すみません。

海外企業の要望もあって、その商社を使うことになります。いわゆる名義貸しのような状況で当社でフォワーダーと契約して輸出の名義人だけ商社という形です。

物流と商流から考えると当社→フォワーダー→海運業者→海外企業となり、当社と海外企業の売買契約で関係書類も揃えようと思うのですが、輸出申告だけ商社の名前が出てくると税務署から指摘が入るのでしょうか？

それを回避するために帳簿上商社への売掛金を立てて商社経由で代金回収をした方が良いのでしょうか？

ご自身が追加質問でリンクされた制度をよくご確認ください。
インボイス上の輸出申告者は商社ですが、商社は単なる名義貸しで、これを証明するため輸出免税不適用連絡一覧表を真の輸出者に交付し、真の輸出者は消費税確定申告書にこの書類の写しを添付することとなっています。
つまり、インボイス上の輸出申告者は商社で、真の輸出者である貴社の売掛先は海外の輸出先です。

輸出申告だけ商社の名前がでてくると・・・

→輸出免税不適用連絡一覧表の交付を受けることが条件なので、ご懸念されている意味がわかりません。交付を受けることができなければ貴社の輸出免税売上にはならず、交付を受けることができれば貴社の輸出免税売上になるだけのことです。
輸出免税不適用連絡一覧表の内容と申告内容が合致していれば書類の保存と適正な申告をしているのですから、指摘されることはありません。

輸出免税不適用連絡一覧表が義務付けているのは、商社と真の輸出者が二重で輸出免税の適用を受けることを防止するためです。

商社経由で代金を回収するのかどうかは、貴社が輸出免税の適用を受けることとは何の関係もありません。