マイナンバーと副業に関して

御相談ありがとうございます。

1.マイナンバー制度で過去の分は調べられるのか？
課税当局ではないので確証的なことは言えませんが、ただちに過去分まで調べられはしない思います。
これは、現行のマイナンバーの運用方法では、ただちに過去の分まで遡って紐付ける運用になってはいないためです。
ただし、過去において無申告であった場合で、かつ、マイナンバー運用後に無申告であった場合には、過去まで遡って調べられる可能性は高いと思います。

2.バレない、バレにくくする方法について
100%リスクを回避できるわけではありませんが、
確定申告をして、下記の方法をすればバレない確率は高まります。
具体的には、確定申告の
「給与・公的年金等に係る所得以外の所得に係る住民税の徴収方法の選択」
にて、「自ら納付」を○つけて提出します。
サンプルとしてH26年の確定申告のページ
http://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/yoshiki/01/shinkokusho/pdf/h26/01.pdf
3ページ目、下の○住民税に関する事項の上から2つ目のブロック
「給与から差引き」
「自分で納付」
となっているものの、下のものをチェックして提出してください。
この方法であれば、副業が「給与所得」以外であれば、ばれにくくはなります。

3.上記の方法があるのであれば、そこを注意しながら、副業を続けられるのか？
副業の所得区分にもよりますが、副業が「給与所得」(役員報酬も含みます)以外であれば、上記2の方法によりばれにくくはなります。
これ以外の方法としては、副業での所得がいくらか？にもよりますが、副業の金額が多額になるとばれやすくなってしまいます。
これは有効な方法かどうかは確証はありませんが、「給与所得だけれども、あえて高い税金を払って、所得区分を雑所得」として上記2の方法により申告すると、住民税の観点からはばれにくくなると思います。

お子様がお生まれになるということ、頑張ってください。

ご参考になれば幸いです。