分与時の価格と売却価格の差額に課税について

貴殿のご見解のとおりで良いと思います。
但し、計算内容について税務署から譲渡所得の計算内訳書だけ提出を求められることがありますから、その場合は、譲渡損が発生していることを記入して足りると思います。
回答は以上です。

基本的に質問者様のお考えのとおりです。
　お母さまが協議離婚による財産分与を受けられた時期の公示価格にも触れられています。地区によって若干の乖離がある場合もあります。お持ちの不動産の所在土地と公示価格の対象地が同地区にありましたでしょうか。
　なお、売却予定の資産は、「不動産」とだけありますが、戸建或いはマンションのような建物（償却資産）は含まれていませんでしたか。
　譲渡損失となり申告不用と判断されたようですが、上記の検討結果、確定申告が必要な場合も考えられます。
　確定申告書を提出していない場合、居住用資産売却に伴って認められる最大3,000万円の特別控除の適用は受けられない取扱となります。
　これらを総合判断すると確定申告をなさる方が賢明かと判断されます。

　お役に立てたのであればよかったです。
　また、何かありましたら、お立ち寄りください。

国土交通省地価公示価格をみると、分与時期より現在の公示価格が低いのですが、、①（分与時の公示価格から時価を出し価格－売却価格）　②（分与時の公示価格から時価を出した価格－現在の公示価格から時価を出した価格）　①②どちらで計算するのでしょうか？　混乱しています、教えて頂けますでしょうか？

　不動産の譲渡益の計算において取得価額から、売却価額を差し引く計算はおこないません。あくまで売却価額から、取得価格（分与であれば分与を受けた日のその時の時価）を差し引くことは普遍です。
　小職が公示価額の対象を求める際に他の地区の公示価格等を採用すると差異がある場合がある旨、例示をさせて頂いたという程度です。
　同じ市内でも町内毎に２～３の公示対象の場所が設定されていますからお気をつけ頂けば結構です。
　決して計算方法に影響を与えるものではありません。