分与時の価格と売却価格の差額に課税について

貴殿のご見解のとおりで良いと思います。
但し、計算内容について税務署から譲渡所得の計算内訳書だけ提出を求められることがありますから、その場合は、譲渡損が発生していることを記入して足りると思います。
回答は以上です。

基本的に質問者様のお考えのとおりです。
　お母さまが協議離婚による財産分与を受けられた時期の公示価格にも触れられています。地区によって若干の乖離がある場合もあります。お持ちの不動産の所在土地と公示価格の対象地が同地区にありましたでしょうか。
　なお、売却予定の資産は、「不動産」とだけありますが、戸建或いはマンションのような建物（償却資産）は含まれていませんでしたか。
　譲渡損失となり申告不用と判断されたようですが、上記の検討結果、確定申告が必要な場合も考えられます。
　確定申告書を提出していない場合、居住用資産売却に伴って認められる最大3,000万円の特別控除の適用は受けられない取扱となります。
　これらを総合判断すると確定申告をなさる方が賢明かと判断されます。