副業で事業を起こして、妻を従業員として雇う場合の確定申告について

青色申告ができる人は、不動産所得・事業所得・山林所得のある人と限られています。
従って、相談者様が青色申告するためには、副業が「事業所得」でなければなりませんが、ご相談の文面からは事業所得と認定されない可能性が高いと思いますので、まずご留意ください。

次に、仮に「事業所得」と認められて、奥様を青色事業専従者とした場合には、給与の金額にかかわらず配偶者控除が使えなくなりますのでご注意ください。

青色事業専従者は給与の額がいくらであろうとも「配偶者控除」や「扶養控除」の適用対象者から外れてしまいます。
下記サイトの「1」の（注）をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2075.htm

宜しくお願いします。

恐れ入りますが、事業所得として認めらる可能性が低いのはどういったことからでしょうか？？
同じくＷＥＢ広告業としてアフィリエイト事業を行って事業所得として確定申告をされている方も多くおられると思いますが…。
よろしければご教示お願い申し上げます。

ご連絡ありがとうございます。
事業所得となる基準は明確にされておりませんが、国税局の見解としては次のように回答されています。
「事業所得としての副業は、営利性・有償性・継続性・反復性があるか、精神的あるいは肉体的労力の程度や人的・物的設備があるか、また、社会的地位・生活の状況などを考慮して判断します。加えて、その事業が生活の糧となるものか、一般的に職業として認知できるかも判断材料となります（国税局）。」

つまり、
•相当程度の期間継続して安定収入が得られている
•副業とはいえ相当な時間を割いて日々真剣に取り組んでいる
•副業のための人的・物的設備が整っている
•副業収入が消えると生活に影響が出る
•職業として認知されている
といった点をポイントして総合的に判断されることになります。

昨今では、副業を事業所得として申告した場合に、税務署から雑所得として申告するように指導されるケースが増えていると聞きます（事業所得をマイナスにして給与所得と損益通算を行っているような場合）。
以上、ご参考になれば幸いです。

詳しいご回答ありがとうございます。

事業所得をマイナスにして給与所得と損益通算を行っているような場合に指導されているケースが増えているんですね。
まだ先行きがどうなるかはわかりませんが、今のところは黒字になる見込みです。あくまでもマイナスになってしまったらどうなるかの質問でした。

総合的に判断とのことですがタイミングとしては

・開業届提出時点で受理されずに雑所得で申告するように指導
・開業届は受理するが、申告時に雑所得で申告するように指導

のどちらになりますでしょうか？

最終的には総合的に判断されるとのことですので、一度諦めずにチャレンジはしてみようかと思います。

ご連絡ありがとうございます。
税務署の判断のタイミングは後者になります。
提出があった申告書の内容をみてから、事業といえるか雑となるかを判断することになります。
前述しました5項目が判断の目安となりますので、「事業」と主張できるように理論武装したうえでチャレンジなさってください。
ご健闘をお祈りいたします！