事務所兼自宅の経費計上

ご質問のケースについて、以下の通り回答いたします。

①及び②：法人事務所としての使用と住宅ローン控除の全額適用
税務上可能です。居住の用に供する部分の床面積の割合が90％以上である場合、租税特別措置法関係通達41-29に基づき、家屋全体の面積を居住用とみなして住宅ローン控除を全額受けることができます。＊法人から個人へ合理的な家賃を支払い、個人側で不動産所得として確定申告を行うことになります。

③：駐車場の法人利用とローン控除への影響
分譲の一部である駐車場を法人に賃貸し、使用料を支払うことも可能です（同様に個人の不動産所得となります）。
ただし、家屋（事務所部分）と敷地（駐車場部分）の「事業使用割合の合計」が全体の10％を超過すると上記の特例から外れ、全体の借入金残高に対して居住割合に応じた按分計算が必要になります。10%以下に収まるか面積要件の確認が必要です。

以前の税理士の見解について
「ローン控除と経費化（法人賃貸）は両立できない」というのは、税法の一律の規定はないかと存じます。
「事業割合が10%を超えると控除額が減る」「減価償却等の計算や個人の不動産所得の申告が必要になる」といった実務上の煩雑さやリスクを避けるため、安全策として原則を簡略化して説明されたした可能性はあるかと存じます。

回答は以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

前提として、金融機関には事務所利用について確認し、問題ないとの承認を得られた場合とします。

上記はあまり意味がない。

自宅の事務所使用部分は床面積の10％以下（5～10％程度）とし、90％以上は引き続き自己の居住用とします。

それはそれで問題なし。

以前、税理士から「金融機関が認めても、住宅ローン控除を受けている以上、自宅を按分して法人経費にすることはできない」と説明されました。


上記はなぜか再度確認してください。

①住宅ローン控除を受けながら、自宅の10％以下を法人事務所として使用し、合理的な割合で法人から個人へ使用料等を支払うことは税務上可能でしょうか。

可能。

②居住部分が90％以上の場合、住宅ローン控除は建物全体について受けられるのでしょうか。

そのようである。

③分譲の一部である駐車場を法人車両専用として使用し、法人から個人へ駐車場使用料を支払うことは可能でしょうか。また、その場合、住宅ローン控除への影響はありますか。

あると考える。それも10％いないでしょう。

ご質問から離れた余談となりますが、

法人利用が概ね10％以下の場合は、地震保険料につき按分することなく全額を地震保険料控除の対象とすることができます。（所得税法基本通達77-6）

なお、同族会社の役員が、同族会社からの給与のほかに、不動産の賃貸料などを受け取っている場合には、その所得が20万円以下であっても確定申告が必要となる（所得税法施行令262条の2）ケースがありますのでご注意ください。


他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になりましたら幸いです。