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源泉徴収された譲渡益の住民税分の確定申告

特定口座(源泉徴収あり)で取引しています。投資を生業としている個人事業主のため、譲渡益、配当益を事業所得として総合課税で申告しようとしています。

確定申告書では事業所得の所得税源泉徴収分は記載する欄がありますが、住民税分はありません。(なお、譲渡所得として申告する場合は住民税分を記載する欄があり、e-taxでは自治体への通知欄が自動計算され、任意に編集することができません。)
上記状況のため、住民税分は正しく申告できない状況ですが、このようなケースでは各自治体へ別途申告するしか手はないのでしょうか?
なお専業であっても譲渡所得・配当所得として申告することは問題ないものと理解しています(措置法37の10-2)が、青色申告特別控除を受けるため事業所得として申告したいと考えています。

税理士の回答

国税庁のタックスアンサー1463に下記のような記載があります。
総合課税はできないようです。
@@@@@@
株式等の譲渡による事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額(以下「譲渡所得等の金額」といいます。)は、「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」と「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」に区分し、他の所得の金額と区分して税金を計算する「申告分離課税」となります。

回答ありがとうございます。
タックスアンサー1463から、株式等の譲渡損益は、事業所得、譲渡所得、雑所得のいずれにしても申告分離課税になるものと理解しました。
ただ、措置法37の10・37の11共-2(株式等の譲渡に係る所得区分)では、「株式等の譲渡による所得が事業所得若しくは雑所得に該当するか又は譲渡所得に該当するかは、当該株式等の譲渡が営利を目的として継続的に行われているかどうかにより判定するのであるが、その者の一般株式等に係る譲渡所得等の金額又は上場株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上、次に掲げる株式等の譲渡による部分の所得については、譲渡所得として取り扱って差し支えない。(以下省略)」
と、事業所得、譲渡所得、雑所得の選択指針が示されているため、事業の実態に合わせていずれかを選択するもの考えていました。確定申告書上、申告分離課税しか選べないとなると、上記条文の意図が分からなくなりました。もしこの意図が分かるようなら教えてください。

また譲渡損益については分離課税としても、配当益については最初の質問の疑問が残ります。もしわかるようなら教えてください。

本投稿は、2020年02月18日 16時50分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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