正社員しながら副業で個人事業主

給与は給与所得、副業は雑所得、もしくは事業所得として計上しますので、
確定申告ソフトに給与はいれません。

はじめましてご回答ありがとうございます。利便性のため口座を統一しています。
マネフォードソフトに口座連携していて給与データーが反映されるかと思いますがその場合、事業主借で処理すればよいでしょうか？

また最終の確定申告の際に給与所得欄に正社員の給与を入力する形で良いのでしょうか？

その場合は事業主借でお願いします。
給与所得については、
e-taxでする場合は源泉徴収票を見ながら入力してください。
所得税や社会保険などそれぞれ入力します。

ご回答ありがとうございました。

おおよその流れが把握する事ができました。
今後とも宜しくお願いします。