不妊治療の助成金、医療控除の年またぎ問題

原則としては、修正申告が必要と言えます。
保険金などの補てん金が未確定の場合
Q2
 医療費を補てんする保険金等の額が、確定申告書を提出する時までに確定していません。
 医療費控除の計算は、どのようにすればいいですか。
A2
 医療費を補てんする保険金等の額が、医療費を支払った年分の確定申告書を提出する時までに確定していない場合には、補てんされる保険金等の見込額に基づいて計算します。
 なお、後日、補てんされる保険金等の確定額と当初の見込額とが異なる場合には、修正申告又は更正の請求の手続きにより訂正してください。
(所基通73-10)

ただ、後は、手間暇、影響額の問題でしょうか。
実際の影響額としては、10万÷6か月×3か月＝5万。

これに所得税率が仮に20％としても1万の影響ですし、税務署も修正申告を受ければ、対応しなければいけませんが、これを今年の申告から控除しても2期を合わせれば同じとも言えます。

ただ、原則は、修正申告をすべき事項ではありますね。

今回のように、確定申告書提出時点では申請もしていなかった場合は、全額平成30年度の医療費から控除でよろしいかと思います。
申請していなければ、確定申告書提出時点では保険金見積額はゼロですから。

ただ、医療費控除といえば、出産=助成金ありなので、税務署の問合せがあるかもしれませんが、上記のように説明してください。税務署から問合せ電話があっても、なにも心配したり不安になったりすることはありません。
それで修正申告書を提出せよと言われたら、その時点で、修正申告書の提出を考えればよろしいかと思います。

何もなければ、平成30年の確定申告での医療費控除で、忘れずに医療費から差し引いてください。

専門家の方の心配ないですよ、の言葉はとてもとても安心できますし嬉しいです。
とても分かりやすい回答をありがとうございました。
出産ではなく不妊治療なので、いつまで続くか、いくらかかるか？が分からないので、助成金決定額が年度末まで分からなかった旨も電話があった場合は説明しようと思います。
３０年で忘れず差し引きさせていただきます。
本当にありがとうございました。

不妊治療ですね。
大変失礼いたしました。

また、ご不明点がございましたら、ご質問をお待ちしております。