家屋の評価について

税理士法人翔和会計の税理士の田本と申します

ご回答としては
状況に応じて複数のパターンが検討できる内容だと思います。
・被相続人は賃料をもらっていないから自用家屋
・賃貸に供されている以上、貸家評価
いずれも考えられます。

相続税に関しては実態、実質がどうであったのかを大前提として考えるべきでその上で、あいまいな点、甲乙つけがたい点は状況資料を用意、もしくは書類がないのであれば今からでも確認書類を作成するなどで実態を明らかにしていただくのが良いと思います。

・過去の賃貸契約書の取り交わしの状況
・賃料を支払っている法人の経理処理（誰に支払っているのか）
・過去の賃料の所得税の申告状況（被相続人の持ち分に相当する家賃収入の申告状況）

ご相談者様が貸家評価にされたい意向がある前提でお話ししますと、
・法人とは賃貸契約が存在する
・賃料は息子だけが受け取っているがそれはやり取りの都合上の問題で、本来、息子と被相続人が清算するべき内容
こちらのエビデンス資料を用意できれば貸家評価も考えられると思います。
ただし、その場合、息子が被相続人に支払うべきであった持ち分に応じた賃料について支払っていないので、被相続人が不当利得返還請求権、ひらたく言うと未収家賃という財産権を取得することになりますのでこちらが相続財産として加算されることになり得ます。

一方で、自用地評価で申告した場合であっても、このような論点が税務署より指摘される可能性はあります。

繰り返しとなりますが、法人との契約状況などの実態で判断となります。

ある程度経験がなければ判断が難しい内容と思いますので、税理士のご相談されるべき内容だと思います。

よろしくお願いいたします。