小規模宅地の特例についてお聞きします。

居住用として利用状況に照らして、実際の利用スペースで面積を計算することになると思います。
どうしても判定面積に困った時は、お近くの税理士に申告を依頼するのも良いかと思います。

結論から申し上げますと、建物の規模が小さくても、原則として小規模宅地等の特例（特定居住用宅地等）は適用可能かと存じます（上限330㎡まで）。

以下に、ご懸念されているポイントについて説明させて頂きます。

1. 土地と建物のアンバランスについて
税法上、「建物に対して土地が広すぎる」といった面積割合による明確な適用制限はございません。
最も重要なのは、その400㎡の土地全体が、お母様の「居住の用に供されていた一団の土地（生活の拠点となる敷地）」として一体的に利用されていたかどうかかと存じます。
庭や通路として日常的に管理・使用されていれば、建物の小ささだけを理由に特例が制限されることは原則としてありません。

2. 倉庫兼車庫の扱いについて
家から少し離れた場所にある倉庫兼車庫についても、それがお母様の日常生活に付随して利用されていたもの（自家用車の駐車や、日常的な家庭用品の保管など）であれば、その敷地部分も含めて一体の「居住用宅地」として認められます。

3. 注意点（適用が一部除外されるリスク）
ただし、400㎡の土地の中に以下のような部分がある場合は、その部分だけ特例の対象外とみなされる可能性がございます。
●明確なフェンスや塀などで区切られ、自宅の敷地と物理的に分離されている部分
●長年放置され、草木が生い茂るなど日常的な管理が全くされていない荒地
●家庭菜園の枠を超えた農地や、他人に貸している駐車場など、明らかに別の用途に使われている部分

「家なき子」の細かい要件（3年縛りなど）は満たしていらっしゃるとのことですので、土地全体が一体としてお母様の生活の拠点であったと客観的に説明できる状態（写真などの記録があるとより安心です）であれば、330㎡までの80%減額を受けられると考えられます。

以上となります。
ご参考になりましたら幸いです。

倉庫兼車庫について、もう一歩踏み込んでお聞きします。
母の車と母の持ち物が納められているのは間違いないのですが、
一部、弟家族（弟は全く別で世帯をもっています。）の荷物も少しあったり
するのと、弟の所有する車（セカンドカーの軽自動車）も停めています。
これぐらいなら考慮する事はないでしょうか？最悪、弟の所有物は全て
持ち出ししてもらいますが･･･。

結論から申し上げますと、弟様が無償で（駐車場代などを払わずに）一部を使用しているだけであれば、直ちに小規模宅地等の特例全体が使えなくなる可能性は低いかと存じます。
ただ、税務調査などで「この車庫・倉庫は実質的に弟の専用スペースである」とみなされた場合、その部分の面積だけ「お母様の居住用ではない」と判断され、特例の対象から外されるリスクがゼロではありませんので、「税務署との見解の相違」という懸念材料をなくすためには、可能であるならば、お母様のご生前に弟様の車と荷物を移動していただくのが最も安全で確実な対策かと存じます。

やはり税務署側から、そういう認識も有り得るという事ですね。
お忙しい中、ご回答頂き誠にありがとうございます。