相続税申告の債務他

簡潔に回答します。
①お父様が入所していた日までの費用であれば、相続後に支払った額は債務控除できます。
②支払い先ごとに合算して差し支えありません。
③相続後に納付した額を債務控除し、返金された額を加算した方がわかりやすいので、支障がなければ両方計上してはいかがでしょうか。
④当初の遺産分割協議書では分割方法が不明ですので、「再度協議を行うものとする」という記載にしたがって、その支給額のみの追加遺産分割協議書を作成すべきです。

①債務
　父親は認知症を発症していてケアハウスに数年前から入所していますが相続日以降の支払いを債務に含めて良いでしょうか。

逝去前の医療費は、債務です。
②財産
　相続日以降に高額介護や高額医療に対する支給金が複数回ありますが
　支払先ごとに合算して記入しても良いですか。

竹中は、合算しません。後で証憑と合わせるのが面倒です。
③住民税
　令和８年度の住民税・森林環境税を納付後住民税は返金されました。この場合は財産と債務の両方に記入するのか債務に森林環境税だけを記入するのかどちらですか。

死後戻されたのは、債権です。死後支払うのは、債務です。
④遺産分割協議書
　銀行と法務局に提出する為に財産が確定する前に作りましたがその後高額医療費等に対する支給金等がありそれらは協議書に載っていません。但し最後に「後日判明した遺産は、相続人全員がその財産について再度協議を行うものとする」と入れました。　税務署に提出する為には再度協議書を作成する必要がありますか。

はい、再度載っていない部分について、遺産分割協議を行わないと、未分割になります。行ってください。

通常後日判明したものについては、最初の協議書に、だれだれを記載します。
不完全な協議書を作成したのですね。

債務控除は、支払日が相続後かどうかだけでなく、死亡時に存在したお父様の確実な債務かが基本になります。施設費は利用対象期間と請求内訳を確認してください。また、住民税の還付は、当初の賦課が訂正されたのか、死亡時点に還付請求権があったのかで整理が変わるため、納税額と返金額を機械的に両建てしない方がよいでしょう。支給決定通知・税額変更通知・協議書をまとめ、お近くの税理士事務所で財産と債務の計上を確認されることをおすすめします。