長期間横領

ご質問は税法上の問題ではなく商法や刑法上の問題ですので税理士の専門外です。
また、税法上の問題ではありませんので税務署が横領を調査するということはないと思います。
弁護士ドットコムでご質問いただいた方がよろしいかと思います。

　　税務調査に関しては、どこまでをどのように行うかは、その時の状況にならなければ、分かりません。
　　売上が除外されている又は経費が水増しされているなどのケースでは是正が必要と思われますが、税務調査の状況などは分かりません。

　　慰謝料やそのほか会社内のどなたに責任が及ぶかなどのついては、税理士の仕事の範疇ではないため、大変申し訳ありませんが、「弁護士ドットコム」の弁護士先生にお問い合わせください。