副業の給与・雑所得の住民税徴収方法と年末調整について

住民税は、副業の給与分も本業の給与と合算して特別徴収するのが原則です。一方、雑所得分は確定申告書第二表で「自分で納付」を選択できますが、控除や所得の状況によって分けられない場合もあるため、住所地の自治体へ確認してください。年末調整の基礎控除申告書では、副業給与を含む給与全体と雑所得を含めた合計所得の見積額が必要です。確定申告予定でも、控除を受けるための欄を事実と異なる金額にしてよいわけではありません。年末調整で控除を受けず確定申告で精算する方法も含め、実際の書類を近隣の税理士に確認してください。会社独自の副業申告との区別も必要で、会社に知られない保証はありません。

お世話になります。

ご質問に対する回答）
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①
雑所得は確定申告時に「自分で納付（普通徴収）」を選択できます。
自治体によって異なりません。
なお、忘れやすいため、ご注意ください。
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②
年末調整時の基礎控除申告書に、質問者さまの本年中の見積額を記入する欄があり、そこに副業の雑所得も記入する必要があります。
しかし、「見積額」を記載しますので、人によっては作成時点で見積困難なケースもありでしょうから、止むなくゼロ記入もあり得ます。
なお、記入しなくても基礎控除額に影響がなければ税務上の不利益は特にありませんが、記入する必要はあります。
（会社内のルールの運用はわかりません）

年末調整では回答せず、自分で確定申告する対応が認められるケースはあります

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上記のとおり、質問者さまご自身により確定申告で確定させることが可能です。
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他の方のアドバイスも参考になさってください。少しでもご参考になりましたら幸いです。

ご質問の1点目ですが、副業の雑所得については、確定申告の際に住民税を普通徴収にする選択肢がありますが、給与所得は原則として給与からの特別徴収になるかと思います。そのため、本業分だけ特別徴収、副業分だけ普通徴収という形は難しいことが多いです。住民税の具体的な運用は自治体ごとの差もありますので、最終的にはお住まいの市区町村に確認されるのが確実です。

2点目ですが、年末調整は本業の給与について勤務先が行う手続であり、副業の雑所得を会社の年末調整で申告するものではありません。 ただし、他社給与がある場合や、基礎控除申告書などで所得見積額の記載を求められる場面では、会社提出書類への記載が必要になることがあります。

① 副業の給与所得と雑所得で、住民税の徴収方法を分けることは可能か

>一度市役所の課税課で相談ください。分けてくださる方向に行くと思います。
副業の給与所得については本業の会社での特別徴収、雑所得については普通徴収（自分で納付）とすることは可能でしょうか。

狩野です。

自治体によって取り扱いが異なる場合は、その点も含めて教えていただきたいです。

https://www.adachi-faq.jp/faq.asp?faqno=FQA05342&sugtype=0&logid=698670292
自分の住んでいる自治体に直接聞いてください。
悩みにのっていただける場合が多いいです。
② 本業の会社の年末調整で、副業収入を申告する必要があるか

基礎控除申告書で所得を記載。
年末調整の書類に、副業収入の有無や金額を回答する設問があります。（給与、雑所得ともに金額の解答欄あり）

上記記載。すべての所得がわからないと、年末調整の基礎控除が正確に出ない。

副業（とくに雑所得）については会社に知られたくないと考えていますが、給与所得と雑所得について、それぞれ年末調整の際に申告する義務があるのでしょうか。

上記記載。義務はありますが、正しく記載している方がどれくらいあるかわからない。

また、年末調整の設問への回答と、確定申告での所得の申告はどのような関係にあるのでしょうか。年末調整では回答せず、自分で確定申告する対応が認められるケースはありますか。

認められるのではなく、確定申告をして最終的な所得を決定するのです。
年末調整は給与以外は推定です。

税務上適切な対応と、会社に副業を知られる可能性をできるだけ抑えるための方法について、ご教示いただけますと幸いです。

市役所の課税課で、丁寧に相談することです。