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常勤勤務および非常勤勤務における源泉徴収について

現在、勤務先とトラブルになりかけています。

1)2014年1月から病院の夜間当直(非常勤、週1回夜間のみ。1回2万円)をしております。
2)2015年4月から同病院の常勤となりました。
3)2015年4月からは常勤職員として9時~17時の業務と、週1回の夜間当直を(非常勤の頃と全く同じ業務を継続しています)しております。
4)就業規則では、非常勤当直は1回あたり2万円なのですが、常勤が当直した場合3万5千円になります。
5)当然、2015年4月からの当直は、3万5千円で計算されるものと思っていたのですが、病院側は、常勤契約は日勤だけに適用されるものであり、当直業務は非常勤契約が継続しているのだ、として2万円での計算で支払われています(配布される給与明細は、毎月、常勤の給与と当直手当2万円のものが1枚だけです)(契約書的には、常勤として当直をしていることになっています)
6)さすがにおかしいと思い、労基署または弁護士に相談しようと考えていますが、
額がそんなに多くないので、内容証明などで請求しようか、とも考えています。
そのための証拠集めの参考、としての質問です。

質問なのですが、1)常勤と非常勤が同一施設で継続したとしたら、所得税の控除などの計算は、別々にする義務があるか?(たとえば、2015年10月の常勤部分月給25万円に対して所得税控除、非常勤部分8万円に対して所得税控除するか?または、月額33万円に対して控除すればいいのか?) 2)給与明細は別々に(または常勤、非常勤の区別をした明細を)交付する義務はあるか? 3)年末の源泉徴収票は別々に交付する義務はあるか? それとも、同一施設のものなら、常勤非常勤ひっくるめて給与明細、源泉徴収票は1枚だけで合算したものでいいのか?
について、ご回答頂けますと幸いです。
もし、当直だけ非常勤だったら、社会保険料の計算やそのほか、確定申告にも影響が出ると思いますが、いかがでしょうか。
よろしくお願い致します。

税理士の回答

現在も給与が払われていると思いますので、
毎月引かれる社会保険料(健康保険、厚生年金、雇用保険)
の金額と源泉所得税の金額を記載して下さい。
現在どのように給与の支払がなされているか判断しかねます。
2枚給与明細が発行されていると解釈しておりますが、その金額を記載して頂きたいです。

本投稿は、2015年10月26日 07時57分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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