扶養内の住民税について

源泉所得税（所得税）は支払った金額により計算されるので、２か月分になれば課税となるのはやむを得ないところです。この所得税は、年末調整又は確定申告により精算されるので、結果的には還付になると思われます。
しかし、住民税については前年度の所得金額により計算されるので、前年度分が非課税範囲であれば、今月の給料が増えたからといって控除されることはありません。また、普通徴収を選択できていればなおさらのことです。この住民税については会社に確認したほうがいいと思います。

住民税は昨年の所得によって6月から引かれるのが通常です。昨年の収入が非課税の範囲内であったのに引かれたのでしたら会社側の誤りの可能性もあります。
所得税は、月額88,000円以上の支給となる場合は引くことが義務付けられています。年末調整で精算し、返ってくるものとお考え下さい

　まず、住民税ですが、令和２年度分は、令和元年分の所得金額に基づいて決定した通知が行われています。よって令和2年中の収入の多寡によって税額が変動するものではありません。2年度分は、通常5月分より分割により、特別徴収されているかと思いますが、５、６月の2か月分が控除された可能性はありますが、既に決定されている金額の内輪ですから、損になることは決してありません。
　また、所得税については、各月の社会保険料控除の金額に対応する源泉徴収税額表による税額を源泉徴収しているものと思われます。
　仮に2か月合計の支給額に対応した税額を源泉徴収された結果、各月の源泉徴収税額の2か月分より多少多くなっていたとしても年末調整によって還付されることになりますから、この納付も決して無駄になることはないと思われます。