年末調整によって、副業がばれる可能性。

現在は本業、副業先の両方から給与支払報告書が市町村へ報告されて、両方の住民税がご自身で納付（普通徴収）されている状態ではないでしょうか。
会社が住民税をお給料から天引き（特別徴収）にすると、本業会社ではそれ以外の収入があると気づくかもしれません。

年末調整は1カ所でしかできないため、2カ所給与の場合は所得によっては確定申告義務が出てきます。
本業ではそもそも本業の収入についてのみしか年末調整できないので、副業で年末調整していないから副業に気づくということはありません。本業の会社が副業に気づくのは住民税を会社から天引きする時ではないでしょうか。

よろしくお願いします。

連絡遅れて大変申し訳ございません。回答していただき、ありがとうございます。ということは現在、本業が市民税だけ自身で払っている形態なら、副業を確定申告をすればばれることはなく、大丈夫ということでしょうか？
また、今後副業が市民税を給料天引きをした場合、確定申告の普通調整をしても、年末調整で発覚してしまうのでしょうか？防ぐ方法はありますか？よろしくお願いします。

本業が住民税普通徴収であれば、本業があなたの所得を知る術は住民税からは基本的にないと思われます。
例え副業で住民税を天引きしても本業の年末調整ではあなたの所得は知られないのではないでしょうか。
すいません、「確定申告の普通調整をしても」というのが意味が分かりかねます。

社労士の範疇に入りますが、給与2カ所だと可能性としては本業・副業の両方で社会保険料を負担する可能性も出てくると思います。この面で副業収入が本業に知られる可能性はあるかもしれません。

よろしくお願いします。