課税関係と権利確定時期について

1. 現金主義 → 権利確定主義への切替はできるか
結論はできます。
ただし、所轄税務署への「現金主義特例をやめる」届出、切替年度の「経過部分（売掛金・未払金など）」の整理をきちんとやらないと、二重計上・計上漏れで突っ込まれるリスクがあります。

一度現金主義を選んでいても、条件を満たしている限り、翌年から通常の方法（権利確定主義）に戻すことは可能です。その際には税務署への届出が必要になります。
つまり、「去年までは現金主義、今年からは権利確定主義です〜」と申告書だけ勝手に変えるのはNGです。

2. 不動産の所有権移転：登記してないけど、引渡し済みの場合
結論（民法・税務の考え方）
民法上：原則、所有権は「合意＋特定（引渡し等）」で移転します。
登記はあくまで「第三者に対抗するための要件」であって、当事者間では、登記がなくても買主に所有権が移っていると考えるのが基本です（契約で別段の定めがなければ）。
税務上：所得税・法人税の譲渡時期は、「実質的に所有権が移転した時点（多くは引渡し＋残代金決済時）」で判断され、登記日はあくまで参考情報にすぎません。
したがって、売買契約が有効に成立し、引渡しまで済んでいて、契約上もその時点で所有権が移転するとされているなら、「所有権は買主に移転している」と考えて良いです。（ただし、「残代金完済までは所有権は売主に留保」などの特約があれば話が変わります）

つまり、不動産の名義変更（登記）は、あくまで「誰のものかを外部に示す」ための手続きです。
いっぽう、法律上の所有者は、「契約で所有権をいつ移すか」「引き渡しが終わったか」などで決まります。
3. 権利確定主義で申告することの課税上の問題点
大前提
所得税・法人税の世界では、権利確定主義が原則です。
現金主義はあくまで「一定の小規模事業者向け特例」であって、
「権利確定主義だから税務上問題がある」というのは本末転倒です。

つまり、売上が計上された時点で所得に入るため、入金前でも税金が発生します。これは「請求した時点で売上が立ちますので、税金は『入金済みかどうか』に関係なく発生します。そのため、売掛を回収するスピードと、納税用の資金を分けて管理することが非常に重要です。

権利確定主義は、税務のルールの「標準装備」です。これ自体が問題なのではなく、売上や経費を発生ベースで管理できる体制があるか、決算期をまたぐ取引をきちんと整理できるか、契約書や請求書などの証拠を残しておけるかが整っていないと、後から税金の修正や追徴のリスクが高くなります。
きちんとルールを守って運用できるなら、むしろ本来のビジネスの実態に近い形で利益を把握できるので、経営管理上もメリットが大きいです。