社長兼任して他会社で社員

２か所から給料をもらっている場合、扶養控除等申告書はどちらか一方にしか出せません。
高収入になる他会社に提出することになるのであれば、資産管理会社の方は乙欄課税としての処理となり、社会保険料を控除して乙欄課税の源泉徴収をする処理になります。
年末調整は扶養控除等申告書を提出した他社のみとなりますが、法定調書はそれぞれの会社で提出基準に合わせて提出することになります。

扶養控除申告書は他会社に提出することになります。また、資産管理会社の方は乙欄としての処理になり、社会保険料支払って乙欄の源泉徴収をする処理になります。なお、年末調整は他会社だけになり、法定調書合計表は資産管理会社だけ提出になります。

社会保険は2ヶ所から出すための用紙を両会社で提出することは分かったのですが、扶養控除申告書の処理はどうなるのでしょうか。おそらく高収入になる他会社に提出になると考えています。

その通りです。他会社が甲欄。
そうなると資産管理会社の方は乙として処理になると、社会保険料支払って乙の欄の源泉徴収をする処理になるのでしょうか。
何も問題はない。
また、年末調整では法定調書合計表も提出するのでしょうか。

もちろんです。

皆様ありがとうございます。どの先生も分かりやすく、悩みましたが、いつも返信して下さる先生をベストアンサーに致しました。