国内判定の外国株式を売却時の非課税売上高の計算レート等

消費税の話しですか。それなら約定時のレートでいいとおもいます。

売却約定と同時に売却代金（ドル）を円転したとして、約定日のレートと入金される際の円転時のレートが異なる（約定から入出金までタイムラグがあるため？）場合にその円転が高いならそっちの方が非課税売上総額に認定されたりはないでしょうか

証券会社で円貨の売却金額を教えてくれるのでそのレートと円価額を使えばいいです。もし実際の円転額と違うならそれは為替差損益ですが、たいした金額でないので無視していいとおもいます。